Avviato il procedimento, la fase successiva è quella dell'istruttoria. Si tratta di una fase lunga e delicata in quanto caratterizzata dalla raccolta di dati, informazioni, pareri e verifiche. In particolare dovrà essere acquisito il parere di Comune, Tribunale, questura, esprimendo infine il proprio parere in merito alla pratica. Conclusa tale fase, la prefettura invia la relativa documentazione al Ministero dell' Interno cui spetta il compito di predisporre il decreto di cittadinanza, dopo aver rilasciato il proprio giudizio.